三国时仍置敦煌郡，属曹魏管辖。西晋承袭不变。东晋前凉时将敦煌、晋昌、高昌三郡和西域都护、戊巳校尉、玉门大护军三营合设沙州。东晋隆安四年（公元400年）李建西凉国，初都敦煌。北魏初（公元439年）置敦煌..
